Mak yong diasaskan di Kerajaan Pattani yang kini merupakan sebahagian daripada Thailand. Oleh kerana ia diwarisi secara lisan dikalangan kampung, usia sebenar Mak Yong tidak dapat dipastikan. Bagaimanapun, fakta yang ia bebas daripada pengaruh-pengaruh luar menunjukkan ia sekurang-kurangnya berusia 800 tahun dan hampir pasti lebih awal lagi. Menurut Hikayat Patani Mak Yong dibawa ke Kelantan lebih 200 tahun dahulu. Dari situ ia berkembang ke Kedah dan negeri-negeri lain.

Lagenda biasanya mengaitkan tarian dengan semangat padi yang digelar Mak Hiang tetapi yang lain mempercayai ia dicipta oleh makluk digelar Semar. Para sejarahwan tidak pasti samaada Mak Yong berasal dari tradisi rakyat atau teater istana. Sungguhpun begitu ia ditonton oleh semua lapisan masyarakat untuk menghormati semangat padi, berterima kasih bagi tuaian atau merawat penyakit.

Semasa di Patani, Mak Yong biasanya dipersembahkan di istana sehingga 1920 di mana ia sering dipertontonkan dikalangan orang biasa.

Mak Yong pertama kali disebut dalam Hikayat Patani bertarikh sekitar kurun ke-18 sebagai pertunjukan di Nara Yala, istana Patani (Teeuw and Wyatt, 1970). Semasa kurun ke-19 ia tersebar dari Selatan Thailand ke Kelantan di Timur Semenanjung Malaysia dan seterusnya melalui Tanjung Kurau (kini SIngapura) ke kepulauan di Indonesia yang ketika itu merupakan sebahagian dari Kesultanan Melayu kerajaan Johor - Riau, Lingga.

Perbezaan antara Mak Yong sebagaimana yang terdapat di Kelantan, yang tidak menggunakan sebarang topeng, Mak Yong dari Batam dan Bintan menggunakan topeng seperti di Nara Yala, kawasan asal, bagi bilangan dayang seperti pelayan peribadi Raja (Raja, atau anak lelakinya) dan Puteri (Ratu atau anak perempuannya), penjenayah, jembalang dan semangat. Pada kurun sebelumnya, Mak Yong bukan sekadar pertunjukan harian, tetapi ia turut digunakan sebagai upacara bagi raja memerintah. Mak Yong juga telah digunakan bagi berubat orang yang sakit teruk. Amalan ini tidak lagi diamalkan di Indonesia. Orang terakhir yang melakukannya adalah Tuk Atan di Bintan dan Pak Basri di Batam, keduanya telah meninggal. Mak Yong bagaimanapun masih ditontonkan bermula dan berakhir dengan upacara. Mentera yang di ucapkan oleh dua orang di atas telah diwarisi oleh keturunan mereka. Pertunjukan Mak Yong di Batam dan Bintan pada masa kini merupakan bentuk keturunan ketiga. Mak Yong di Batam dan Bintan telah wujud bagi 150 tahun dan masa kini terancam dengan kepupusan sekiranya tiada dokumentasi dan latihan pelakonnya dilakukan.

Pada awal abad ke-20, tarian Mak Yong mula berkembang ke merata-rata kampung tanpa naungan istana. Punca utamanya adalah kerana kedatangan British ke Kelantan telah mengurangkan kedudukan ekonomi raja-raja ini. Faktor inilah yang mengakibatkan kemerosotan mutu persembahan dalam generasi kedua, iaitu zaman selepas Bah Air Merah pada tahun 1926 hinggalah tahun-tahun 1950-an. Unsur-unsur komersil pertunjukan Mak Yong telah memperalatkan nilai-nilai estetik klasik yang ada dalam Mak Yong. Persembahan Mak Yong yang diadakan dengan cara pemajakan akan bermula dari pukul 8.30 malam hingga pukul 11.00 malam sahaja. Kemudian, persembahan diberhentikan dan alat-alat muzik biola dan akordion menggantikan rebab dan serunai untuk memainkan lagu-lagu joget. Penonton-penonton akan naik pentas untuk menari joget dengan penari-penari Mak Yong.

Nilai moral penari-penari Mak Yong juga mula merosot. Banyak sekali kisah-kisah sumbang di antara penari-penari Mak Yong dengan penonton-penonton selepas selesai persembahan Mak Yong, dan perceraian di kalangan suami isteri dan anak-anak Mak Yong merupakan satu perkara yang biasa sahaja. Malah ada di kalangan penari Mak Yong yang berasa bangga dengan jumlah bilangan suami yang dapat dikutip oleh mereka. Pandangan masyarakat terhadap penari-penari Mak Yong mula merosot dan mula hilang kepercayaan terhadap moral mereka. Keadaan ini mempercepatkan lagi kejatuhan imej Mak Yong.

Pada akhir-akhir 1960-an, sudah tidak banyak lagi kumpulan Mak Yong yang wujud, dan tidak banyak lagi orang yang berminat mempelajari seni tari ini. Kemasukan pengaruh-pengaruh kebudayaan Barat yang meluas menggelapkan lagi permainan Mak Yong. Kalau ada pun persembahan Mak Yong pada masa perayaan seperti Hari Keputeraan Sultan, persembahan itu hanya dikerumuni oleh orang-orang tua.

Kumpulan generasi ketiga tarian Mak Yong telah dipelopori oleh Kumpulan Seri Temenggung, sebuah kumpulan belia. Guru-guru Mak Yong yang terdiri daripada orang-orang lama dari generasi pertama telah diambil untuk melatih mereka dalam tarian-tarian dan nyanyian-nyanyian Mak Yong yang asli seperti yang terdapat pada masa generasi yang pertama dulu. Dengan latihan itu, unsur-unsur yang asli mula dihidupkan kembali.